Lista över kureringsverktyg
Från DAU-handboken
Det finns ett stort antal verktyg som kan användas för att kurera olika typer av data, beroende på dataformat, användningsområde, komplexitet, osv. Den här sidan innehåller en begränsad lista över olika verktyg som kan användas för kurering av data. Det finns också ett antal mer utförliga snabbguider för en del kureringsverktyg.
| Namn | Utvecklare | Syfte och beskrivning | Importerar följande filformat | Exporterar följande filformat | Plattform | Gratis eller till en kostnad | Länk till verktyget | Kommentarer |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| AliView | Uppsala universitet | Genomics data viewer. | FASTA, Fastq, NEXUS, PHYLIP, CLUSTAL, MSF | PNG | Windows, Mac, Linux | Gratis | http://www.ormbunkar.se/aliview/ | |
| ArcGIS | ESRI | Opening and checking spatial data files (GIS). | Ett stort antal GIS-filformat, bl.a. Shapefile, NetCDF (.nc, .cdf, .netcdf), DEM, LAS, TIFF, JPEG. | EMF, EPS, PDF, SVG, SVGZ, BMP, JPEG, PNG, TIFF, TGA | Windows, webbläsare | Kostnad | http://www.esri.se/Produkter/ArcGIS | ESRI har ett flertal olika GIS-verktyg, bl.a. ArcMap (ArcGIS för Desktop), ArcGIS Pro, ArcGIS Online, Drone2Map |
| Artemis | The Sanger Institute | Artemis is a free genome browser and annotation tool that allows visualisation of sequence features, next generation data and the results of analyses within the context of the sequence, and also its six-frame translation. | EMBL, GENBANK, FASTA, indexerad FASTA, GFF3, raw-format | VCF, FASTA, SVG, PNG, JPEG | Windows, Mac, Linux, webbläsare | Gratis | https://www.sanger.ac.uk/science/tools/artemis | |
| AutoDesk Viewer | AutoDesk | A program for viewing 2D and 3D CAD. | Ett stort antal CAD/3D-format, bl.a. DXF, DAE, STEP, STL, OBJ, 3DS | ? | Webbläsare | Gratis | https://viewer.autodesk.com/ | Man måste ha ett konto. AutoDesk Viewer är ett visningsprogram. |
| BamView | The Sanger Institute | BamView is an interactive Java application for visualising read-alignment data stored in BAM or CRAM files. | BAM, CRAM | ? | Windows, Mac, Unix | Gratis | http://bamview.sourceforge.net/ | En BAM-fil är en komprimerad SAM-fil. SAM-filer lagrar information som ASCII. |
| ChemDraw | CambridgeSoft | ChemDraw is a molecule editor. | MOL, CDX, CDXML, SDF, SKC | MOL, SDF, SKC, SVG (endast Windows), PNG, PDF, CDXML | Windows, Mac, iOS | Kostnad | http://www.perkinelmer.com/se/category/chemdraw | |
| Colectica for Excel | Colectica | Colectica allows documenting of Variables, Code Lists, and Data Sets directly from within Microsoft Excel. | DTA, SAV, sas7bdat | XML, PDF, RTF | Windows | Gratis eller kostnad | https://www.colectica.com/software/colecticaforexcel/ | Colectica for Excel är en plugin som kan användas i Microsoft Excel för att lägga till metadata till en Excelfil. |
| Excel Archival Tool | Programmet är utvecklat av en student vid University of Minnesota (kontaktas via: datarepo@umn.edu) | Programmatically converts Excel files into open-source formats and extracts charts/figures, etc. | XLS, XLSX | Se kommentar. | Windows | Gratis | https://github.com/mcgrory/ExcelArchivalTool | Programmet exporterar XLS och XLSX till CSV. Bilder och tabeller konverteras till PNG-bilder och formler konverteras till TXT. All formateringsinfo sparas som HTML. Väldigt lättanvänt. Det krävs bara en knapptryckning så utför programmet resten. Eftersom programmet har utvecklats av en student är det inte säkert att det kommer fungera på sikt, men så länge det fortfarande fungerar så kan det vara användbart. |
| ImageJ | The National Institutes of Health and the Laboratory for Optical and Computational Instrumentation (LOCI, University of Wisconsin) | ImageJ is a scientific image processing (aka giant files) program. | TIFF, GIF, JPEG, AVI, BMP, PNG, FITS, LUT | TIFF, GIF, JPEG, AVI, BMP, PNG, PGM, FITS, LUT, raw-format | Windows, Mac, Linux | Gratis | https://imagej.nih.gov/ij/ | ImageJ is a public domain Java image processing program. |
| Mango | University of Texas Health Science Center | Mango is a viewer for medical research images such as CT/MRI image files. | DICOM, NifTI (.nii, .nii.gz, .hdr/.img), NifTI2, Analyze, NEMA-DES, MINC | CSV | Windows, Mac, Linux | Gratis | http://ric.uthscsa.edu/mango/usingmango.html | Det finns tre versioner av programmet:
|
| MATLAB | MathWorks | MATLAB allows matrix manipulations, plotting of functions and data, implementation of algorithms, creation of user interfaces, and interfacing with programs written in other languages, including C, C++, C#, Java, Fortran and Python. | https://se.mathworks.com/help/matlab/import_export/supported-file-formats.html | https://se.mathworks.com/help/matlab/import_export/supported-file-formats.html | Windows, Mac, Linux | Kostnad | https://www.mathworks.com/ | MATLAB ger möjlighet att utföra beräkningar inom ett flertal olika områden tack vare inbyggt stöd för många färdiga funktioner. Med hjälp av skript kan man automatisera många beräkningar. MATLAB är ett programspråk med stöd för bland annat:
|
| MeshLab | Istituto di Scienza e Tecnologie dell'Informazione och Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR) | "An open source system for processing and editing 3D triangular meshes. It provides a set of tools for editing, cleaning, healing, inspecting, rendering, texturing and converting meshes." | 3DS, U3D, COLLADA, PLY, STL, OBJ, QOBJ, X3D, XYZ, TXT, m.fl. | 3DS, U3D, COLLADA, PLY, STL, OBJ, QOBJ, X3D, XYZ, TXT, m.fl. | Windows, Mac, Linux | Gratis | http://www.meshlab.net/ | Ett open source-program för granskning och analys av 3D-modeller. Blanda inte ihop MeshLab med MATLAB. |
| Mesquite | Wayne P. Maddison, David R. Maddison | A program designed to help biologists organize and analyze comparative data about organisms. | NBRF, FASTA, GenBank/GenPept, PHYLIP, CLUSTAL, CSV, NEXUS | NEXUS, m.fl. | Windows, Mac, Linux | Gratis | https://www.mesquiteproject.org/ | Har inte haft möjlighet att labba med programmet och dokumentationen berättar inte mer än att programmet kan exportera till flera olika format. |
| MRIcro | University of South Carolina | MRIcro is a small program for viewing medical images. | NifTI (.nii, .nii.gz, .hdr/.img), Analyze, NRRD, PIC, DICOM, Freesurfer (.mgh, .mgz), Philips (.par/ .rec), ITK MetaImage (.mhd, .mha), AFNI (.head/ .brik) | PDF, ROI | Windows, Mac, Linux | Gratis | https://www.mccauslandcenter.sc.edu/crnl/mricro | |
| Mzmine 2 | T. Pluskal, S. Castillo, A. Villar-Briones, M. Orešič | An open-source software for mass-spectrometry data processing, with the main focus on LC-MS data. | mzML, mzXML, mzData, NetCDF (.nc, .cdf, .netcdf), Thermo RAW, Waters RAW, Agilent CSV | CSV, mzTab, XML, SQL, MetaboAnalyst | Windows, Mac, Linux | Gratis | http://mzmine.github.io/ | |
| NCAR command language (NCL) | Computational & Information Systems Laboratory at the National Center for Atmospheric Research (NCAR) | NCL is an interpreted language designed specifically for scientific data analysis and visualization. NCL is used for climatology, meteorology, oceanography among others. | NetCDF (.nc, .cdf, .netcdf), GRIB (.gr, .gr1, .grb, .grib, .grb1, .grib1, .gr2, .grb2, .grib2), HDF (.hdf, hd , HDF-EOS (.hdfeos, .he2, .he4), HDF5 (.h5, .hdf5), Shapefile, CCM, ASCII, MapInfo (.mif), GMT, Tiger | NetCDF (.nc, .cdf, .netcdf) | Windows, Mac, Linux | Gratis | https://www.ncl.ucar.edu/ | Hör förmodligen inte hemma i den här listan. |
| Nesstar Publisher | NSD - Norwegian Centre for Research Data | Nesstar handles survey data. Nesstar Publisher is an advanced data management program. It consists of data and metadata conversion and editing tools, enabling the user to prepare these materials for publication to a Nesstar Server. However, it can also be used as a stand-alone tool for the preparation of data and metadata. | Nesstar, NSDstat, XML, SAV, POR, SPS, DTA, STA, NSF, DBF, DIF, TXT, CSV, SDV, CDV, PM, PX, XLS, NSDstatHDef | XML, RDF, Nesstar Study, SAV, POR, SPS, SAS, DTA, STA, NSF, DIF, DAT, TXT, NSDStat, CSV | Windows | Gratis | http://www.nesstar.com/software/publisher.html | |
| NotePad++ | Don Ho | Opens most files if another tool won't, does other diagnostic things. | De flesta filformat (i någon omfattning.) | Ett stort antal filformat. | Windows | Gratis | https://notepad-plus-plus.org/ | Ett verktyg som kan användas på väldigt många olika sätt. NotePad++ är som vanliga NotePad fast med betydligt fler funktioner. |
| Omero | The Open Microscopy Environment (OME) | OMERO handles in a secure central repository. Images can be viewed, organized, analyzed and shared from anywhere with internet access. | https://docs.openmicroscopy.org/bio-formats/5.9.2/supported-formats.html | https://docs.openmicroscopy.org/bio-formats/5.9.2/supported-formats.html | Windows, Mac, Linux | Gratis | https://www.openmicroscopy.org/omero/ | Det verkar vara ett program kombinerat med ett repositorium. Deras idé är att bilder laddas upp och analyseras och dessa går sen att nå från vilken dator som helst. De har också flera olika plugins till andra program, t.ex. MatLab. |
| OpenRefine | Först Freebase, sedan Google och numera är programmet open source. | OpenRefine is a standalone open source desktop application for data cleanup and transformation to other formats, the activity known as data wrangling. It is similar to spreadsheet applications (and can work with spreadsheet file formats); however, it behaves more like a database. | TSV, CSV, XML, RDF, JSON, | TSV, CSV, XLSX (ev. även XLS), HTML Table | Windows, Mac, Linux | Gratis | http://openrefine.org/ | "If input data is in a non-standard text format, it can be imported as whole lines, without splitting into columns, and then columns extracted later with OpenRefine's tools. Archived and compressed files are supported (.zip, .tar.gz, .tgz, .tar.bz2, .gz, or .bz2) and Refine can download input files from a URL. To use web pages as input, it is possible to import list of URLs and then invoke a URL fetch function." |
| OsiriX MD | Pixmeo SARL | For analysis of CT/MRI image files | DICOM | DICOM, QTFF (.mov), QTVR | Windows, Mac, mobila enheter | Kostnad | https://www.osirix-viewer.com/ | QTVR är ett VR-format för Mac. |
| Panoply | NASA - Goddard Institute for Space Studies | Java application for climate science (netCDF). | NetCDF (.nc, .cdf, .netcdf), GRIB, HDF | GIF, JPEG, PNG, TIFF, PDF, PS | Windows, Mac, Linux | Gratis | https://www.giss.nasa.gov/tools/panoply/ | Kan även exportera "lon-lat map plots" som KMZ-format och animationer som MP4-video eller som individuella bilder. |
| QGIS | QGIS Development Team | QGIS is a user friendly Open Source Geographic Information System (GIS). | Ett stort antal GIS-filformat, bl.a. Shapefile, OGC, NetCDF (.nc, .cdf, .netcdf), DEM, TIFF, JPEG | Ett stort antal GIS-filformat, bl.a. Shapefile, OGC, NetCDF (.nc, .cdf, .netcdf), DEM, TIFF, JPEG | Windows, Mac, Linux, Android | Gratis | https://qgis.org/ | Har i stort sett samma funktionalitet som ArcGIS, men är lättare att lära sig för en van Windows-användare. |
| RStudio | RStudio, Inc. | RStudio is a set of integrated tools designed to help you be more productive with R. | CSV, TSV, XLS, XLSX, SAV, POR, SAS/SD7 | CSV, TSV | Windows, Mac, Linux | Gratis, eller kostnad | https://www.rstudio.com/ | R är ett programmeringsspråk och en integrerad plattform/miljö av olika programvaror som är användbara exempelvis för statistikbehandling, datamanipulering, dataanalys, kalkylering och grafisk visualisering. Resultatet kan exporteras till .csv, .tsv och till Excel-anpassad csv. |
| SciLab | SciLab Enterprises | An open source alternative to MATLAB. | Ett stort antal filformat. | Ett stort antal filformat. | Windows, Mac, Linux | Gratis | https://www.scilab.org/ | |
| Transana | David K Woods, University of Wisconsin-Madison Center for Education Research | Transana is a software package used to manage, transcribe and analyze digital video or audio data. | MPEG (.mpeg4, .mpeg2), AVI, MP4, JPEG, MP3, WAV, AU, .SND, RTF, TXT, XML | RTF, XML | Window, Mac | Kostnad | https://www.transana.com/ | Det finns en 30-dagars testversion som inte kostar något. |