Lista över kureringsverktyg

Det finns ett stort antal verktyg som kan användas för att kurera olika typer av data, beroende på dataformat, användningsområde, komplexitet, osv. Den här sidan innehåller en begränsad lista över olika verktyg som kan användas för kurering av data. Det finns också ett antal mer utförliga snabbguider över en del kureringsverktyg.

Namn	Utvecklare	Syfte och beskrivning	Importerar följande filformat	Exporterar följande filformat	Plattform	Gratis eller till en kostnad	Länk till verktyget	Kommentarer
AliView	Uppsala universitet	Genomics data viewer	FASTA, Fastq, NEXUS, PHYLIP, CLUSTAL, MSF	PNG	Windows, Mac, Linux	Gratis	http://www.ormbunkar.se/aliview/
ArcGIS	ESRI	Opening and checking spatial data files (GIS).	Ett stort antal GIS-filformat, bl.a. Shapefile, NetCDF (.nc, .cdf, .netcdf), DEM, LAS, TIFF, JPEG.	EMF, EPS, PDF, SVG, SVGZ, BMP, JPEG, PNG, TIFF, TGA	Windows, webbläsare	Kostnad	http://www.esri.se/Produkter/ArcGIS	ESRI har ett flertal olika GIS-verktyg, bl.a. ArcMap (ArcGIS för Desktop), ArcGIS Pro, ArcGIS Online, Drone2Map.
Artemis	The Sanger Institute	Artemis is a free genome browser and annotation tool that allows visualisation of sequence features, next generation data and the results of analyses within the context of the sequence, and also its six-frame translation.	EMBL, GENBANK, FASTA, indexerad FASTA, GFF3, raw-format	VCF, FASTA, SVG, PNG, JPEG	Windows, Mac, Linux, webbläsare	Gratis	https://www.sanger.ac.uk/science/tools/artemis
AutoDesk Viewer	AutoDesk	A program for viewing 2D and 3D CAD.	Ett stort antal CAD/3D-format, bl.a. DXF, DAE, STEP, STL, OBJ, 3DS	?	Webbläsare	Gratis	https://viewer.autodesk.com/	Man måste ha ett konto. AutoDesk Viewer är ett visningsprogram.
BamView	The Sanger Institute	BamView is an interactive Java application for visualising read-alignment data stored in BAM or CRAM files.	BAM, CRAM	?	Windows, Mac, Unix	Gratis	http://bamview.sourceforge.net/	En BAM-fil är en komprimerad SAM-fil. SAM-filer lagrar information som ASCII.
ChemDraw	CambridgeSoft	ChemDraw is a molecule editor.	MOL, CDX, CDXML, SDF, SKC	MOL, SDF, SKC, SVG (endast Windows), PNG, PDF, CDXML	Windows, Mac, iOS	Kostnad	http://www.perkinelmer.com/se/category/chemdraw
Colectica for Excel	Colectica	Colectica allows documenting of Variables, Code Lists, and Data Sets directly from within Microsoft Excel.	DTA, SAV, sas7bdat	XML, PDF, RTF	Windows	Gratis, eller kostnad	https://www.colectica.com/software/colecticaforexcel/	Colectica for Excel är en plugin som kan användas i Microsoft Excel för att lägga till metadata till en Excelfil.
Excel Archival Tool	Programmet är utvecklat av en student vid University of Minnesota (kontaktas via: datarepo@umn.edu)	Programmatically convert Excel files into open-source formats and extracts charts/figures, etc.	XLS, XLSX	Se kommentar.	Windows	Gratis	https://github.com/mcgrory/ExcelArchivalTool	Programmet exporterar XLS och XLSX till CSV. Bilder och tabeller konverteras till PNG-bilder och formler konverteras till TXT. All formateringsinfo sparas som HTML. Väldigt lättanvänt. Det krävs bara ett knapptryck så utför programmet resten. Eftersom programmet har utvecklats av en student är det inte säkert att det kommer fungera på sikt, men så länge det fortfarande fungerar så kan det vara användbart.
ImageJ	The National Institutes of Health and the Laboratory for Optical and Computational Instrumentation (LOCI, University of Wisconsin)	ImageJ is a scientific image processing (aka giant files) program.	TIFF, GIF, JPEG, AVI, BMP, PNG, FITS, LUT	TIFF, GIF, JPEG, AVI, BMP, PNG, PGM, FITS, LUT, raw-format	Windows, Mac, Linux	Gratis	https://imagej.nih.gov/ij/	ImageJ is a public domain Java image processing program.
Mango	University of Texas Health Science Center	Mango is a viewer for medical research images such as CT/MRI image files.	DICOM, NifTI (.nii, .nii.gz, .hdr/.img), NifTI2, Analyze, NEMA-DES, MINC	CSV	Windows, Mac, Linux	Gratis	http://ric.uthscsa.edu/mango/usingmango.html	"Det finns tre versioner av programmet.
* Mango – Desktop – Mac OS X, Windows och Linux
* Papaya – Browser – Firefox, Chrome, Safari och IE
* iMango – Mobile – Apple iPad
"
MATLAB	MathWorks	MATLAB allows matrix manipulations, plotting of functions and data, implementation of algorithms, creation of user interfaces, and interfacing with programs written in other languages, including C, C++, C#, Java, Fortran and Python.	https://se.mathworks.com/help/matlab/import_export/supported-file-formats.html	https://se.mathworks.com/help/matlab/import_export/supported-file-formats.html	Windows, Mac, Linux	Kostnad	https://www.mathworks.com/	"MATLAB ger möjlighet att utföra beräkningar inom ett flertal olika områden tack vare inbyggt stöd för många färdiga funktioner. Med hjälp av skript kan man automatisera många beräkningar. MATLAB är ett programspråk med stöd för bland annat:
* läsa/skriva till fil
* visa bilder, grafik och diagram
* skapa grafiska användargränssnitt"
MeshLab	Istituto di Scienza e Tecnologie dell'Informazione och Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR)	"An open source system for processing and editing 3D triangular meshes.
It provides a set of tools for editing, cleaning, healing, inspecting, rendering, texturing and converting meshes."	3DS, U3D, COLLADA, PLY, STL, OBJ, QOBJ, X3D, XYZ, TXT, m.fl.	3DS, U3D, COLLADA, PLY, STL, OBJ, QOBJ, X3D, XYZ, TXT, m.fl.	Windows, Mac, Linux	Gratis	http://www.meshlab.net/	Ett open source-program för granskning och analys av 3D-modeller. Blanda inte ihop MeshLab med MATLAB.
Mesquite	Wayne P. Maddison, David R. Maddison	A program designed to help biologists organize and analyze comparative data about organisms.	NBRF, FASTA, GenBank/GenPept, PHYLIP, CLUSTAL, CSV, NEXUS	NEXUS, m.fl.	Windows, Mac, Linux	Gratis	https://www.mesquiteproject.org/	Har inte haft möjlighet att labba med programmet och dokumentationen berättar inte mer än att programmet kan exportera till flera olika format.
MRIcro	University of South Carolina	MRIcro is a small program for viewing medical images	NifTI (.nii, .nii.gz, .hdr/.img), Analyze, NRRD, PIC, DICOM, Freesurfer (.mgh, .mgz), Philips (.par/ .rec), ITK MetaImage (.mhd, .mha), AFNI (.head/ .brik)	PDF, ROI	Windows, Mac, Linux	Gratis	https://www.mccauslandcenter.sc.edu/crnl/mricro
Mzmine 2	T. Pluskal, S. Castillo, A. Villar-Briones, M. Orešič	An open-source software for mass-spectrometry data processing, with the main focus on LC-MS data.	mzML, mzXML, mzData, NetCDF (.nc, .cdf, .netcdf), Thermo RAW, Waters RAW, Agilent CSV	CSV, mzTab, XML, SQL, MetaboAnalyst	Windows, Mac, Linux	Gratis	http://mzmine.github.io/
NCAR command language (NCL)	Computational & Information Systems Laboratory at the National Center for Atmospheric Research (NCAR)	NCL is an interpreted language designed specifically for scientific data analysis and visualization. NCL is used for climatology, meteorology, oceanography among others.	NetCDF (.nc, .cdf, .netcdf), GRIB (.gr, .gr1, .grb, .grib, .grb1, .grib1, .gr2, .grb2, .grib2), HDF (.hdf, hd , HDF-EOS (.hdfeos, .he2, .he4), HDF5 (.h5, .hdf5), Shapefile, CCM, ASCII, MapInfo (.mif), GMT, Tiger	NetCDF (.nc, .cdf, .netcdf)	Windows, Mac, Linux	Gratis	https://www.ncl.ucar.edu/	Hör förmodligen inte hemma i den här listan.
Nesstar Publisher	NSD - Norwegian Centre for Research Data	Nesstar handles survey data. Nesstar Publisher is an advanced data management program. It consists of data and metadata conversion and editing tools, enabling the user to prepare these materials for publication to a Nesstar Server. However, it can also be used as a stand-alone tool for the preparation of data and metadata.	Nesstar, NSDstat, XML, SAV, POR, SPS, DTA, STA, NSF, DBF, DIF, TXT, CSV, SDV, CDV, PM, PX, XLS, NSDstatHDef	XML, RDF, Nesstar Study, SAV, POR, SPS, SAS, DTA, STA, NSF, DIF, DAT, TXT, NSDStat, CSV	Windows	Gratis	http://www.nesstar.com/software/publisher.html
NotePad++	Don Ho	Opens most files if another tool won't, does other diagnostic things	De flesta filformat (i någon omfattning)	Ett stort antal filformat.	Windows	Gratis	https://notepad-plus-plus.org/	Ett verktyg som kan användas på väldigt många olika sätt. NotePad++ är som vanliga NotePad fast med betydligt fler funktioner. Det går nästan inte att leva utan NotePad++.
Omero	The Open Microscopy Environment (OME)	OMERO handles in a secure central repository. Images can be viewed, organized, analyzed and shared from anywhere with internet access.	https://docs.openmicroscopy.org/bio-formats/5.9.2/supported-formats.html	https://docs.openmicroscopy.org/bio-formats/5.9.2/supported-formats.html	Windows, Mac, Linux	Gratis	https://www.openmicroscopy.org/omero/	Det verkar vara ett program kombinerat med ett repositorium. Deras idé är att bilder laddas upp och analyseras och dessa går sen att nå från vilken dator som helst. De har också flera olika plugins till andra program, t.ex. MatLab.
OpenRefine	Först Freebase, sedan Google och numera är programmet open source.	OpenRefine is a standalone open source desktop application for data cleanup and transformation to other formats, the activity known as data wrangling. It is similar to spreadsheet applications (and can work with spreadsheet file formats); however, it behaves more like a database.	TSV, CSV, XML, RDF, JSON,	TSV, CSV, XLSX (ev. även XLS), HTML Table	Windows, Mac, Linux	Gratis	http://openrefine.org/	"If input data is in a non-standard text format, it can be imported as whole lines, without splitting into columns, and then columns extracted later with OpenRefine's tools. Archived and compressed files are supported (.zip, .tar.gz, .tgz, .tar.bz2, .gz, or .bz2) and Refine can download input files from a URL. To use web pages as input, it is possible to import list of URLs and then invoke a URL fetch function."
OsiriX MD	Pixmeo SARL	For analysis of CT/MRI image files	DICOM	DICOM, QTFF (.mov), QTVR	Windows, Mac, mobila enheter	Kostnad	https://www.osirix-viewer.com/	QTVR är ett VR-format för Mac.
Panoply	NASA - Goddard Institute for Space Studies	Java application for climate science (netCDF)	NetCDF (.nc, .cdf, .netcdf), GRIB, HDF	GIF, JPEG, PNG, TIFF, PDF, PS	Windows, Mac, Linux	Gratis	https://www.giss.nasa.gov/tools/panoply/	Kan exportera även exportera "lon-lat map plots" som KMZ-format och animationer som MP4-video eller som individuella bilder.
QGIS	QGIS Development Team	QGIS is a user friendly Open Source Geographic Information System (GIS).	Ett stort antal GIS-filformat, bl.a. Shapefile, OGC, NetCDF (.nc, .cdf, .netcdf), DEM, TIFF, JPEG	Ett stort antal GIS-filformat, bl.a. Shapefile, OGC, NetCDF (.nc, .cdf, .netcdf), DEM, TIFF, JPEG	Windows, Mac, Linux, Android	Gratis	https://qgis.org/	Har i stort sett samma funktionalitet som ArcGIS, men är lättare att lära sig för en van Windows-användare.
RStudio	RStudio, Inc.	RStudio is a set of integrated tools designed to help you be more productive with R.	CSV, TSV, XLS, XLSX, SAV, POR, SAS/SD7	CSV, TSV,	Windows, Mac, Linux	Gratis, eller kostnad	https://www.rstudio.com/	R är ett programmeringsspråk och en integrerad plattform/miljö av olika programvaror som är användbara exempelvis för statistikbehandling, datamanipulering, dataanalys, kalkylering och grafisk visualisering. Resultatet kan exporteras till .csv, .tsv och till Excel-anpassad csv.
SciLab	SciLab Enterprises	An open source alternative to MATLAB.	Ett stort antal filformat.	Ett stort antal filformat.	Windows, Mac, Linux	Gratis	https://www.scilab.org/
Transana	David K Woods, University of Wisconsin-Madison Center for Education Research	Transana is a software package used to manage, transcribe and analyze digital video or audio data.	MPEG (.mpeg4, .mpeg2), AVI, MP4, JPEG, MP3, WAV, AU, .SND, RTF, TXT, XML	RTF, XML	Window, Mac	Kostnad	https://www.transana.com/	Det finns en 30-dagars testversion som inte kostar något.