ImageJ
Från DAU-handboken
Information om ImageJ
ImageJ är ett program för vetenskaplig bildanalys utvecklad av Wayne Rasband vid National Institutes of Health, USA. Programmet är Javabaserat och både källkod och applikationen är open source. Systemet används för att processa och vetenskapligt analysera bilder inom medicin och hälsoområdet. Det kan till exempel vara multidimensionella mikroskopbilder på celler eller röntgenbilder. ImageJ är anpassat för att kunna utökas med tusentals(!) plugins och script för att utföra återkommande analyser. Några av de plugins som finns: https://imagej.nih.gov/ij/plugins/index.html
Exempel på analyser kan vara geometriska omvandlingar såsom rotation och skalning, samlokalisering, avfaltning, registrering, segmentering och spårning av inmärkta delar av en cell eller kroppen. Det är även möjligt att visualisera 3D-bilder av celler då ImageJ kan processa ett stort antal bilder tagna som tunna tvärsnitt av en enskild cell.
Programvaran är nedladdningsbar till datorer utrustade med senaste Java och tillgängligt både för Microsoft Windows, MacOS, Sharp Zaurus PDA samt Linux.
Lathund
Dokumentationsmöjligheter
ImageJ ger också möjlighet att göra samma analys på många bilder. Det kallas för batch processing och görs genom att arbetsflödet antingen spelas in som ett makro eller att det dokumenteras i ett skript. Makron och skript kan kommenteras för ytterligare dokumentation. Avsikten med makron och skript är att kunna upprepa samma analys på flera bilder, men det erbjuder också en möjlighet att dokumentera den analys som har gjorts. Eftersom programmet arbetar med tiff-filer kan visst metadata, till exempel GPS-koordinater, uppgifter om tekniska specifikationer för filen och utrustningen som har genererat bilden, lagras tillsammans med bilderna på detta vis.
Filtyper som stöds i ImageJ
ImageJ arbetar med .tif som grundläggande filformat. Ett antal olika andra format kan importeras, inklusive .jpg-filer, .gif-filer och andra vanliga grafiska format. Det finns också plugin som kan importera bilder från olika typer av scannrar och instrument. ImageJ kan också hantera filmsekvenser i .avi-format och vissa sorters .mov-format. Programmet kan i grundutförande spara i följande format: tiff, gif, jpeg, avi, bmp, png, pgm, fits, lut. Det finns också en plugin som heter bio-formats som ger ytterligare möjligheter för export. Att öppna och spara en fil
Programmet laddas ned via https://imagej.net/Welcome , men det krävs en fungerande java-installation för att kunna köra programmet. I skrivande stund verkar det finnas vissa problem med olika versioner av java i kombination med olika versioner av programmet. Det går att ladda ner ImageJ ensamt eller tillsammans med olika paket med plugins. Programmet bör inte sparas i Windows program-mapp, utan sparas bäst i användarens hembibliotek.
Öppna en bild/fil
När ImageJ har startats kan bilder öppnas genom att välja File -> Open. Detta kommando kan öppna vanliga bildformat. För ovanligare format kan valet File -> Import fungera. Bilder kan sedan redigeras och analyseras med både inbyggda verktyg och plugins. För att spara arbetet finns både alternativen File -> Save och File -> Save as… Det senare alternativet låter användaren välja format på den sparade filen.
Bild-fönstret har filnamnet som titel och det visar lite användbar information ovanför bilden: den verkliga upplösningen (i det här fallet i kvadratcentimeter), pixelupplösningen, bildtypen och minnet som krävs för att spara bilden.
ImageJ kan användas till olika typer av både bildbehandling och analys, så arbetsflödet kan se olika ut beroende på vad som ska göras. På https://imagej.net/Introduction finns ett flertal länkar till användarhandledningar och tutorials för olika ändamål.
Spara en bild/fil
Använd Spara som > för att spara den aktiva bilden i tiff, gif, jpeg, avi, bmp, png, pgm, fits, lut eller raw-format. Oavsett format visas en varningsruta om ImageJ kan identifiera ändringar som inte sparats innan bilden kan stängas ner. TIFF-format: TIFF är det enda format (annat än raw) som stöder alla ImageJ-datatyper (8-bitars, 16-bitars, 32-bitars och RGB). GIF-format: RGD-bilder måste först konverteras till 8-bitars färg med hjälp av Bild > Typ > 8-bitars färg.
Författare: Lena Ivarsson, Ulrika Gabrielsson, Sofia Andersson & Lina Andrén
Senast uppdaterad: 2018-06-14