Åtgärder

Gephi

Från DAU-handboken

Version från den 10 april 2019 kl. 10.35 av Linda hammarback (diskussion | bidrag)

Introduktion till nätverksanalys med Gephi

Gephi är en open source-mjukvara (distribuerat under "GNU General Public License") för analys och visualisering av nätverk, programmerat i Java på platformen NetBeans.
Framtida utveckling och releaser av Gephi säkerställs av det franska, icke vinstdrivande, företaget Gephi Consortium. Medlemmarna i konsoriet inkluderar bland andra SciencesPo, Linkfluence, WebAtlas, and Quid.
Runt Gephi finns också ett stort community av användare, strukturerade diskussionsgrupper och -forum.12

Lathund

Dokumentationsmöjligheter

Det saknas specifika funktioner för dokumentation i programmet men nedan finns ett antal möjliga lösningar:

  • Skärmdumpar
  • Utdata i form av excel, pdf, csv och flera andra
  • Utdata i form av nätverksfiler .gexf

Skärmdumpar:
Skärmdumpar görs i Portable Network Graphics (.PNG) ett format för rasterbilder. Det är lämpligt för bevarande av digitala bildfiler (inte för tryck på papper). .PNG är en öppen standard och stödjer Exif-metadata.

Utdata:
Utdata i form av filformaten excel, pdf, csv samt några till. Informationen (noder och kanter) finns då i dessa filer (samma som vid import).
Utdata i form av Gephis egna nätverksfiler (filändelse .gexf). En ReadMe-fil bör skapas med information om vilka grundfiler nätverket bygger på samt vilken version av Gephi som använts. Detta är information om vad som behövs för att kunna öppna filerna.

Filformat som stöds

Filformat som kan importeras till Gephi

Tabellen nedan är är sorterad uppifrån och ner efter hur väl filformaten stöder programfunktioner (features) i Gephi.

Filformat Länk till info Filtyp
GEXF (Graph Exchange XML Format) är ett språk utvecklat för att beskriva komplexa nätverksstrukturer utvecklat för Gephi. https://gephi.org/gexf/format xml
Spreadsheet (Excel) Nod- och kanttabeller kan importeras till ”Data Laboratory” i Gephi. Det är ett bekvämt sätt att föra in Excel-data utan att programmera. Filändelse är.csv men det ska inte förväxlas med det egentliga CSV-filformatet. Varje nod eller kant blir en radinmatning. Formatet stöder nod- och kant-attribut, kantvikt(edge weight) och dynamik med tidsintervaller. https://gephi.org/users/supported-graph-formats/spreadsheet/ tabulär
GraphML Fileändelse är .graphml. Formatet stöder attribut för noder och kanter, hierarkiska grafer och en flexibel arkitektur. Gephi stöder dock bara en begränsad uppsättning av detta format. Filformatet stöds även av NodeXL, Sonivis, GUESS och NetworkX. https://gephi.org/users/supported-graph-formats/graphml-format xml
GDF Filformatet används av verktyget GUESS (Graph Exploration System) och är byggt som en databastabell eller kommaseparerad fil (CSV). Det stöder nod- och kantattribut. En standardfil är uppdelad i två sektioner, en för noder och en för kanter. Varje sektion har en rubrik, som i princip är kolumnrubriken. Varje element (dvs nod eller kant) ligger på en rad och värdena separeras av komma. GDF-formatet är därför mycket lätt att läsa och kan enkelt konverteras från CSV. https://gephi.org/users/supported-graph-formats/gdf-format

tabulär

GML (Graph Modeling Language) är ett testformat som stödjer data för nätverksdiagram med en mycket enkel syntax. Formatet används av Graphlet, Pajek, yEd, LEDA, och NetworkX. https://gephi.org/users/supported-graph-formats/gml-format text
UCINET DL Det vanligaste filformatet vid användning av UCINET-paketet. Gephi stöder för närvarande fullmatrix och edgelist1 under-format. Fullmatrix-format är standard för DL-filtillägg. https://gephi.org/users/supported-graph-formats/ucinet-dl-format text
Netdraw VNA VNA-formatet av Netdraw, och liknar Pajek-format. Det definierar noder och kanter och stöder attribut. Varje sektion av filen är åtskild av en asterisk. Mer detaljer om formatet finns i Netdraw's manual. https://gephi.org/users/supported-graph-formats/netdraw-vna-format tabulär
GraphViz DOT - DOT är textfilformatet för sviten GraphViz. Det har en syntax läsbar för människor, som beskriver nätverksdata, inklusive subgrafer och elementattribut (dvs färg, bredd, etikett). NetworkX, Tulip eller ZGRViewer kan också importera DOT-filer. Ytterligare information finns på Wikipedia. https://gephi.org/users/supported-graph-formats/graphviz-dot-format text
Pajek NET Formatet använder NET-ändelse och är lätt att använda. Attributsstöd saknas emellertid, bara nätverkstopologin kan representeras med en Pajek-fil. Strukturen är enkel, Pajek-filer är textfiler, där varje rad är ett element, och listan över kanter följer listan med noder. Den stöds av nästan de flesta grafprogramvaror, inklusive Pajek, NodeXL och NetworkX. https://gephi.org/users/supported-graph-formats/pajek-net-format tabulär
CSV Gephi stöder CSV-filer som representerar relationer. CSV-formatet kan erhållas från alla typer av rad-data, från databaser eller Excel(.csv-export). Varje rad måste innehålla minst två element, separerade med en separator (komma, semikolon, rör (pipes) eller blanktecken). Värden kan inkapslas med enkla eller dubbla citattecken. Grafiska bilder som importeras från CSV är som standard riktade grafer, men användaren kan ändra detta och välja obefintlig (oriktade) i en dialogruta vid importen. https://gephi.org/users/supported-graph-formats/csv-format tabulär
Tulip TPL Ett filformat som används av Tulip. Endast export av själva nätverks-topologin(noder oxh kanter) stöds fn. https://gephi.org/users/supported-graph-formats/tulip-tlp-format text

Filformat som exporteras ut från Gephi

I programmet följande exportformat genereras:

  • CSV
  • GDF
  • GEXF ((Graph Exchange XML Format)
  • GraphML
  • Pajek NET
  • Spreadsheet
  • PDF (NB inte ett importformat i Gephi)
  • SVG (Scalable Vector Grafics) (NB inte ett importformat i Gephi)

Öppna och spara en fil

I startrutan ”Welcome to Gephi” finns alternativet "Open graph file…" som används för att öppna den filen som ska användas för att skapa nätverket. I rutan ”Import report”, visas antal Nodes, Edges och typ av graf. Klicka ok för att verifiera. Nu öppnas programmet och grafen visas.3

Visualisera och göra beräkningar på ett nätverk

  • Data med kanter och noder
  • Layout-alternativ
  • Klustring
  • Beräkningar av "network statistics"

Spara ett nätverk

För att spara nätverket välj ”File” och sedan ”Save”.3

Öppna ett sparat nätverk

För att öppna en ett nätverk som skapats vid ett tidigare tillfälle, välj ”Open...” eller ”Open Recent...” under ”File” längst upp till höger i programmet.

Spara skärmbilder

Källor

1Bastian, Mathieu; Heymann, Sebastien; Jacomy, Mathieu (2009), "Gephi : An Open Source Software for Exploring and Manipulating Networks", AAAI Publications, Third International AAAI Conference on Weblogs and Social Media.

2https://gephi.org/about/

3https://gephi.org/users/


Författare: Linda Hammarbäck, Kristina Hellberg, Stina Johansson, Maria Kinger, Viveca Lind Ohlsson Senast uppdaterad: 2019-03-18

Hämtad från "https://dhb.snd.gu.se/w/index.php?title=Gephi&oldid=1370"